Autodock Vina

En este repositorio, nos proponemos desarrollar dos scripts: uno en Bash y otro en un Jupyter Notebook. El objetivo es realizar el docking de una proteína con una lista de compuestos representados por sus SMILES. Para llevar a cabo este proyecto, utilizaremos el sistema AutoDock Vina.

Referencias

"Blockquotes Blockquotes", Link "Blockquotes Blockquotes", Link "DOCKING MOLECULAR", Link "AutoDock Vina Automator", Link

Características principales

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Estructura de carpetas

Docking_Workspace
├── documents
├── ejecutarVina.sh
├── readme.md
└── src
    ├── input
    │   ├── ligandos
    │   │   └── ligando.txt
    │   └── proteinas
    └── output
        ├── logs
        │   └── log.txt
        └── output
└── Jupyter
    └── Docking_Molecular_VINA.ipynb

• SRC:
• Jupyter:
• Documents:

Instalación y uso

Datos de entrada y salida

Entrada

- Archivo PDBQT de la proteina
- Archivo PDBQT de los ligandos o secuencias SMILES
- Archivo de configuracion del proceso

Salida

Managing Errors