SARS-CoV-2 y Minería de Datos

Taller donde se explica un poco sobre cómo realizamos Minería de Datos en nuestra investigación sobre la proteína Spike del virus SARS-CoV-2. En el repositorio se podrán encontrar los siguientes archivos:

• Secuencias.zip: Archivo comprimido con las secuencias en formato fasta
• Secuencias.csv: Archivo con los metadatos de las secuencias
• SARS-CoV-2 y Minería de Datos.ipynb: Libreta de Jupyter que nos ayudará a ir paso por paso por el taller.
• SARSCoV2 y Minería de Datos.R: Código fuente en lenguaje R que contiene las respuestas a la libreta de Jupyter.
• Environment Completo.RData: Entorno de ejecución con la información ya procesada, en caso de necesitarse.

Los primeros dos archivos fueron descargados del National Center for Biotechnology Information (NCBI) el día 7 de julio del 2021 y contienen datos de secuenciación de Estados Unidos de América.

Paqueterías necesarias

Para poder ejecutar correctamente el código, será necesaria la paquetería seqinr. Podemos instalarla de la isguiente manera:

install.packages("seqinr")
library(seqinr)

Base de datos adicional no utilizada en el taller: GISAID Initiative

Eventos donde ha sido impartido este taller

• UANL el día jueves 26 de agosto del 2021 por Cynthia Castillo (@LaMatemaga), Carolina Sanmiguel y Joaquín Desiderio (@DechiWords)
• R Ladies Guadalajara el día viernes 9 de julio del 2021 por Cynthia Castillo (@LaMatemaga)