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DiegoRivas1 / repository
Cuadernos de Jupyter para el curso completo de Bioinformática. Cubre desde el manejo básico de secuencias FASTA hasta genómica comparativa y ensamblaje de genomas. Cada cuaderno incluye teoría explicada paso a paso, implementación en Python desde cero y visualizaciones con matplotlib.
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Cuadernos de Jupyter para el curso completo de Bioinformática.
Cada carpeta numerada es un tema: teoría explicada paso a paso + código ejecutable + visualizaciones.
| # | Tema | Secuencias | Estado |
|---|---|---|---|
| 01 | Secuencias FASTA | HBB, Mitocondria, E. coli, Genes humanos | ✅ Completo |
| 02 | Alineamiento de Secuencias | BRCA1 humano vs ratón | ✅ Completo |
| 03 | BLAST y Búsqueda por Similitud | BRCA1 humano | ✅ Completo |
| 04 | Alineamiento Global | NM_000518.5, NM_009764 | ✅ Completo |
| 05 | Secuencias k-mers | NM_000518.5, NM_009764.3, NC_000913.2, NC_003197.2 | ✅ Completo |
| 06 | Herramientas bioinformática | NM_000518.5, NM_009764.3, NC_000913.2, NC_003197.2 | ✅ Completo |
| 07 | Alineación Múltiple de Secuencias (MSA) | E. coli, S. enterica, Sh. flexneri, K. pneumoniae, En. cloacae (250 nt) | ✅ Completo |
| 08 | Descubrimiento de Motifs | Secuencias sintéticas (Ej. 1) + Anexo 1 | ✅ Completo |
| 09 | Ensamblaje (Grafo de De Bruijn) | ATGCGATGAC; fragmentos (ejercicio de laboratorio) | ✅ Completo |
| 10 | Filogenia (Neighbor Joining) |
| COX1 (7 especies) |
| ✅ Completo |
| 11 | Estructura de Proteínas | — | 🔜 Próximamente |
| 12 | Genómica Comparativa | — | 🔜 |
| 13 | Ensamblaje de Genomas | — | 🔜 |
pip install -r requirements.txt
git clone https://github.com/tu-usuario/bio-notebooks.git
cd bio-notebooks
jupyter notebook
Abre el notebook de la carpeta que quieras y ejecuta las celdas en orden (Shift + Enter).
bio-notebooks/
├── README.md
├── requirements.txt
├── 01_secuencias_fasta/
│ ├── notebook.ipynb
│ ├── README.md
│ └── data/
│ ├── hbb_small.fasta
│ ├── mito_medium.fasta
│ ├── ecoli_large.fasta
│ └── genes_humanos_multi.fasta
├── 02_alineamiento_secuencias/
│ ├── notebook.ipynb
│ ├── README.md
│ └── data/
│ ├── U14680.1.fasta
│ └── NM_009764.fasta
├── 03_blast/
│ ├── notebook.ipynb
│ ├── README.md
│ └── data/
│ ├── U14680.1.fasta
│ └── blast_result.xml (generado automáticamente)
└── ...